塩水選が終わった種は水に浸けておきます。水に浸けて置くことで発芽をしやすい状態をつくります。あきたこまちは、他の品種に比べ発芽しづらい特性を持っているので他の品種より更に浸種期間を長くしなければなりません。
ちなみに、さとうこまち(さとう産あきたこまち)では3月20日頃に浸種をし、4月7日頃まで行います。その間、種籾は呼吸をしているので水中の酸素が欠乏したり、吐き出した炭酸ガスなどが水にたまり発芽をそこねる危険性があるので、１〜２日毎に新しい水に交換します。
どうしても、水温が上と下では違うので、中にポンプを入れ、１日午前午後３０分循環させるなどの工夫をしています。